検証を続けていたところ、どうやら勘違いではない？ようなので報告してみます。
DrawBillboard3D( VGet( 0.0f, 0.0f, 0.0f ), 0.5f, 1.0f, 64.0f, 0.0f, img[0], TRUE );
DrawLine3D( VGet( -300.0f, 0.0f, 0.0f ), VGet( 300.0f, 0.0f, 0.0f ), GetColor( 255, 255, 0 ) );
をしました。img[0]はLoadDivGraphで64*64に分割した画像のハンドルです。
DrawLine3Dで(-300, 0, 0) から (300, 0, 0) にラインを引いているので、X軸がこれにあたることになると思います。
この状態で、ビルボードは線の下に表示されてしまっていました。中心点指定は0.5f、1.0fと指定しているので64*64の画像の(32,64)にあたるはずです。これはバグでしょうか？
ちなみに、LoadDivGraphを使わずにLoadGraph→DerivationGraphでも同様の現象でした。