いつもお世話になっております。
ChangeWindowModeを実行した際の動作についてご質問させて下さい。

「Kabe.mqo」の材質として
KabeTex.bmp(模様)
a_KabeTex.bmp(透明)
を設定し、モデルに適用しました。
※「Kabe.mqo」はサンプルプログラムの「３１．迷路を３Ｄで表示」の
Kabe.mqo内のフレーム名「1111」以外を削除し、面を反転させたものです。
「a_KabeTex.bmp」は真っ白の画像の中央に黒い円を描いたものです。

ChangeWindowModeを実行すると透明に設定した部分が無視され、本来透過される中央の円部分が
透過されなくなりました。フルスクリーンからウィンドウに、その逆でも同様でした。
以下にサンプルを記載させていただきます。

#include "DxLib.h"

int WINAPI WinMain( HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow )
{
	int KabeModel;

	ChangeWindowMode( TRUE );

	SetGraphMode(640, 480, 32);

	SetChangeScreenModeGraphicsSystemResetFlag(FALSE);

	if( DxLib_Init() < 0 ) return -1;

	SetDrawScreen( DX_SCREEN_BACK ) ;

	KabeModel = MV1LoadModel( "Kabe.mqo" ) ;
	MV1SetPosition( KabeModel, VGet( 320.0f, -300.0f, 600.0f ) ) ;

	int WindowMode = TRUE;
	int check = 0;

	while( ProcessMessage() == 0 && CheckHitKey( KEY_INPUT_ESCAPE ) == 0 )
	{
		ClearDrawScreen() ;
		int Key = CheckHitKey(KEY_INPUT_A);
		if(Key == 1)
		{
			check++;
		}
		else
		{
			check = 0;
		}
		if(check == 1)
		{
			if(WindowMode == TRUE)
			{
				WindowMode = FALSE;
			}
			else
			{
				WindowMode = TRUE;
			}
			ChangeWindowMode(WindowMode);
		}
		MV1DrawModel( KabeModel ) ;
		ScreenFlip() ;
	}
	DxLib_End() ;

	return 0 ;
}

ご検証よろしくお願いします。