MV1系の描画に効果が適用されないのは仕様だったと思います。
モデルの個々のメッシュやマテリアルに対するBlendModeの変更については、
MV1SetMeshDrawBlendModeや、MV1SetMaterialDrawBlendModeが使用できます。
3Dモデルの描画結果を1枚の絵として背景へBlendModeを変更して描画したい場合は、
予めMakeScreen等で3Dモデル描画用バッファを作成、モデル描画し、
その結果をBlendMode変更後に背景が描画されている別バッファへ描画する事で可能です。