以下のソースで試してみましたが、xもyも正常な値が取得できています。
(Win7 32bit SP1 VS Pro 2010)
DXライブラリがWin8に対応しきれてないだけな気もしますが、念のため以下のソースでどういった値が取得できるか確認してください。
もし、以下で正常に動作するなら現象が発生するソースを提示してください。
#include "DxLib.h"
int WINAPI WinMain(HINSTANCE,HINSTANCE,LPSTR,int){
ChangeWindowMode(TRUE), DxLib_Init(), SetDrawScreen( DX_SCREEN_BACK ); //ウィンドウモード変更と初期化と裏画面設定
int wx,wy;
char set[30];
GetWindowPosition(&wx,&wy);
sprintf(set,"%d",wx);
WritePrivateProfileString("Windowiti","X",set,"./mysetting.cfg");
DxLib_End(); // DXライブラリ終了処理
return 0;
}