DxLib_d,libjpeg_dといったものを一つのフォルダにいれソースはソースで管理したいのですが、 そのままではエラーが出てしまいます。 どうにかしてファイルごとにまとめてフォルダに入れることはできないでしょうか？
まずどちらのコンパイラを使っているのか分からないと答えようがありません。 ただし両方ともライブラリを別フォルダで管理する方法ならありますよ。