動作速度一定に関してです。割と初心者です。
おそらくScreenFlip,ScreenCopyの挙動あたりが
根本的に理解できていないので質問させてください。

質問内容の要約すると
・おそらく重くないはずの描画処理なのに遅い。ScreenFlipの扱いが
　おかしい気がしています。描画とScreenFlipの正しい方法
・重くない処理でも、動画撮影など裏動作の影響で遅くなる場合の対策。
　重い場合の動作速度一定に保つ方法(なめらかじゃなくなってもいいので）
です。


たとえば、３秒間の間に画面をだんだん明るくさせたいときに

int t,bright;
int maetime=GetNowCount();
while(1){
  ClearDrawScreen();
  t=(GetNowCount()-maetime);//ループが始まってからの時間取得
  if (t>3000) break;        //3秒たったら終わり
  bright = t*255/3000;      //時間によって明るさ取得
  SetDrawBright(bright,bright,bright);
  DrawKansu();              //描画
  IdoKansu();               //キー入力待ちやMapのスクロールなど
  ScreenFlip();
}

サンプルプログラムにあるようなFrameRateを使わずにこのような構造を使っています。
FrameRateを使っていない理由は、使った方が動作が一定にならず遅くなったからです。
しかし遅い理由はScreenFlipの使い方が間違っていたからかもしれません。
16msのwaitを入れてもさらに遅くなるだけのような気がしています。
DrawKansuで描画しているものは、LoadDivGraphで事前に読んでおいた
1マスあたり32×32の画像を、DQのマップ風に、1マスあたり等倍32×32や、40×40に拡大描画、
あるいは2×2ほどに超縮小描画（これが一番重い）などして、640×480のウィンドウに
びっしりと敷き詰めて３層ほど描いているだけなので、
たぶん重たいはずがないと思うのでプログラムの書き方がおかしいと思うのですが
アドバイスをお願いします。

質問内容は
・サンプルにあるようなフレームレートを使わずに、
　このようなGetNowCountで制御する方法の問題点
・演算が重い場合でも一定速度を保てるような
　描画loop、ScreenFlipの正しい使い方。
・640×480の背景に、100×100ほどの大きさの物体を点滅描画させたいときの
　ScreenCopyの使い方
です。

その他のところでも気になったことがあれば
アドバイスよろしくお願いします。