これはある程度しょうがないかもしれません。
A→@のように描画すれば改善されますが、反対側から見たときにやはり同じ現象が起きます。
int MV1SetMaterialDrawAlphaTest( int MHandle, int MaterialIndex, int Enable, int Mode, int Param ) ;
↑こちらの関数でアルファテスト設定を適応することである程度改善します。一応は・・・。
あ、でもDrawPolygonIndexed3Dの場合はSetDrawAlphaTestだった気がします。