一般的にはメッシュ単位( メッシュの重心座標 )やポリゴン単位( ポリゴンの重心座標 )でソートするのは
処理負荷的に現実的ではないので、フレーム( ボーン )やモデルの単位でソートして描画します
なので、どんなモデルでも矛盾が無いように描画できるような処理を考えるというよりは
フレーム単位やモデル単位でソートするだけでも矛盾のない描画結果が得られるように
モデルの方を調整するというのが現状です( 市販ゲームのレベルでも・・・ )
根本的な解決としては、半透明を使わない場合はZバッファの機能があれば描画順序に関係なく
前後関係の矛盾が無い描画結果が得られるのと同様に、半透明を使っても描画順序に関係なく
前後関係の矛盾が無い描画結果が得られる機能が必要なのですが、検討されている機能
( ZバッファならぬAバッファ( アルファバッファ? )など )はハードウエアで実装したとしても
処理負荷が非常に大きい機能な為、実現には至っていないようです
( 『そんなに処理負荷が高いんなら、モデル側が描画処理に合わせる既存の手法で十分』という状態? )