CreateGraphFromMem には非公開の引数がありまして、定義の全体は以下のようになっています
// メモリ上の画像イメージからグラフィックハンドルを作成する
int CreateGraphFromMem(
const void *RGBFileImage, int RGBFileImageSize,
const void *AlphaFileImage = NULL , int AlphaFileImageSize = 0 ,
int TextureFlag = TRUE , int ReverseFlag = FALSE ) ;
カラー画像の情報を第一、二引数に、α用画像の情報を第三、四引数に渡すことで
たけちーさんのご希望の処理を行うことができます
第五、六引数は省略で問題ありません
よろしければお試しください