SetFullSceneAntiAliasingModeでアンチエイリアスを有効にすると、
ウィンドウ上ではアンチエイリアスが効いているのですが、
SaveDrawScreenToPNGで保存した画像を見てみると、
アンチエイリアスがかかっていません。

具体的には、

ウィンドウ
ttp://gyazo.com/f0aa0d85f26af9744798d20049bc2278

SaveDrawScreenToPNGで保存した画像
ttp://gyazo.com/3cd301d3f2527930cc67b4ed8aa8ca0b

となります。
※URL先頭のhは消しています。


試した環境とソースコードは以下になります。

[環境]

CPU   : Intel i5-3470
GPU   : Geforce GTX970
DxLib : 3.14f 

[ソースコード]

#include "DxLib.h"

#define WINDOW_W 800
#define WINDOW_H 600

int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance,
	LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow)
{
	ChangeWindowMode(TRUE);

	SetGraphMode(WINDOW_W, WINDOW_H, 16);

	SetWindowSize(WINDOW_W, WINDOW_H);

	SetFullSceneAntiAliasingMode(16, 16);

	SetBackgroundColor(255, 255, 255);

	if (DxLib_Init() == -1)
		return 1;

	int charaModel = MV1LoadModel("onda_mod_SHIMAKAZE_v090.pmx");

	SetDrawScreen(DX_SCREEN_BACK);

	while (!ProcessMessage() && !CheckHitKey(KEY_INPUT_ESCAPE)){

		ClearDrawScreen();

		SetCameraNearFar(0.1f, 1500.0f);
		SetCameraPositionAndAngle(VGet(0.0f, 12.0f, -15.0f), 0.0f, 0.0f, 0.0f);

		MV1DrawModel(charaModel);

		SaveDrawScreenToPNG(0, 0, WINDOW_W, WINDOW_H, "test.png", 9);

		ScreenFlip();
	}
	MV1DeleteModel(charaModel);

	DxLib_End();

	return 0;
}


ご確認いただけますと、幸いです。
よろしくお願いします。