ScreenFlip()によるループ処理において、
DrawFillBox()による描画の後DrawPolygon3D()の処理をを行うと上手く描画できないようです。

以下のソースプログラムで確認いたしました。

お手数ですが、もし不具合であれば修正願いたいと思います。

※ DXLib Ver 3.15b, Win7 64bit

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#include <DxLib.h>

int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow)
{
	if (DxLib_Init() < 0) return -1;

	SetDrawScreen(DX_SCREEN_BACK);

	VECTOR ctr = VGet(320.0f, 240.0f, 0.0f), axis = VGet(1.0f, 0.0f, 0.0f);
	VERTEX3D tag[3];
	float th = 1.0f * 3.14159265f / 180.0f;

	for (int i = 0; i < 3; ++i)
	{
		tag[i].pos = VAdd(VGet((float)(i - 1) * 100.0f, (float)((i + 1) % 3 - 1) * 100.0f, 0.0f), ctr);
		tag[i].norm = VGet(0.0f, 0.0f, -1.0f);
		tag[i].dif = GetColorU8(255, 0, 0, 255);
		tag[i].spc = GetColorU8(0, 0, 0, 0);
	}

	while (ProcessMessage() == 0 && CheckHitKey(KEY_INPUT_ESCAPE) == 0)
	{
		DrawFillBox(0, 0, 640, 480, GetColor(200, 200, 200));
		//ClearDrawScreen();
		//DrawFillBoxをコメントアウトしてClearDrawScreenのコメントを外すと、
		//正常に描画される

		// Ｚバッファを有効にする
		SetUseZBuffer3D(TRUE);
		SetWriteZBuffer3D(TRUE);

		//頂点の回転を計算
		MATRIX rm = MGetRotAxis(axis, th);
		for (int i = 0; i < 3; ++i)
		{
			VECTOR tpos = VSub(tag[i].pos, ctr);
			tpos = VTransformSR(tpos, rm);
			tag[i].pos = VAdd(tpos, ctr);
		}

		// ポリゴンの描画
		DrawPolygon3D(tag, 1, DX_NONE_GRAPH, FALSE);

		// Ｚバッファを無効にする
		SetUseZBuffer3D(FALSE);
		SetWriteZBuffer3D(FALSE);

		// 裏画面の表示
		ScreenFlip();
	}

	DxLib_End();
	return 0;
}