多分バグだと思うのですが、以下を//ChangeWindowMode(TRUE);のコメントを外して
ウィンドウモードで起動して表示される四角をクリックすると四角が白くなります。
ですが、これをそのままフルスクリーンモードで起動するとクリックしても白くなりません。

2つとも解像度(1920x1080)のデュアルスクリーンの環境で試しているのですが
鼠x>310&&鼠x<360 の所を 鼠x>310-1920&&鼠x<360-1920 に変えると四角が白くなるので、
フルスクリーンモードで起動した時に、モニタ左側にそれが表示されると、マウスの座標としてマイナス座標になって帰って来てしまうようです。
どちらのモニタを主にするかとか、そういった関係でズレが発生するのではないかと思います。

お忙しいところすみません、ご確認いただけると助かります
よろしくお願いいたしますm(_ _)m


#include "DxLib.h"
int WINAPI WinMain( HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow )
{

	int	鼠o=0, 鼠x=0, 鼠y=0;
	char Key[256];

	SetGraphMode(1920,700,16);
	//ChangeWindowMode(TRUE);
	if(DxLib_Init()==-1){return -1;}
	SetMouseDispFlag(TRUE);
	while( ProcessMessage() == 0 )
	{
		if(GetHitKeyStateAll( Key )==-1 || (Key[KEY_INPUT_ESCAPE])){return 0;}
		ClearDrawScreen() ;
		GetMousePoint( &鼠x , &鼠y ) ;
		if((GetMouseInput()&MOUSE_INPUT_LEFT)!=0&&鼠x>310&&鼠x<360&&鼠y>310&&鼠y<360){鼠o=1;}else{鼠o=0;}
		DrawBox( 310, 310 , 360, 360 ,GetColor(55+(鼠o*200),55+(鼠o*200),55+(鼠o*200) ) , TRUE);
		//DrawGraph( 0, 0, GHandle[1], FALSE ) ;

		ScreenFlip() ;
	}
	WaitKey();DxLib_End();return 0;
}