配列の範囲外を書き換えていることによる現象かもしれません。
例えば、私のPCだと下のコードで白い四角ではなく、青い四角が表示されます。
array[100] = 255;を外すと白い四角になります。
シャッフルの処理でGetRand(要素数 - 1)じゃなくて
GetRand(要素数)になっているというようなことはありませんか?
#include<DxLib.h>
int array[100];
int color_white;
int WINAPI WinMain(HINSTANCE, HINSTANCE, LPSTR, int) {
SetOutApplicationLogValidFlag(false);
ChangeWindowMode(true);
DxLib_Init();
SetDrawScreen(DX_SCREEN_BACK);
color_white = 0xFFFFFF;
array[100] = 255;
while(1) {
ClearDrawScreen();
DrawBox(0,0,100,100,color_white,TRUE);
ScreenFlip();
if(ProcessMessage() == -1) {
break;
}
if(CheckHitKey(KEY_INPUT_ESCAPE) != 0) {
break;
}
}
DxLib_End();
return 0;
}