いつもすみません、たろうです。
久しぶりにフルスクリーンで起動してみたところ、マウス座標がずれてしまうようです。
私の環境では下のプログラムで、左上座標が-100くらいずれます
モニタは二つ(両方とも1920x1080)で、右モニタがメインになっている状態です
※左をメインにしても同じでした

ご確認いただけると助かります
宜しくお願いいたします<(_ _)>


#include "DxLib.h"
int WINAPI WinMain( HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow )
{
	DxLib_Init();
	SetDrawScreen( DX_SCREEN_BACK );
	SetMouseDispFlag(TRUE);

	int mx,my,i=0;
	while( ProcessMessage() == 0 )
	{
		ClearDrawScreen() ;GetMousePoint(&mx,&my) ;
		DrawFormatString( 0,10,GetColor(255,255,255),u8"x(%d) y(%d)",mx,my);
		ScreenFlip();
		if(CheckHitKey(KEY_INPUT_A)&&i<0){ChangeWindowMode( TRUE  );i=60;}
		if(CheckHitKey(KEY_INPUT_S)&&i<0){ChangeWindowMode( FALSE );i=60;}i--;
		if(CheckHitKey(KEY_INPUT_ESCAPE)){break;}
	}
	DxLib_End();
	return 0;
}