すみません、Effekseer for DXライブラリの Effekseer部分については私は分かりませんので
申し訳ありませんが Effekseerさんにお問い合わせください m(_ _;m
<Effekseer サポート>
https://effekseer.github.io/jp/support.html
ただ、個人的には SetDrawArea による画面分割ではなく、MakeScreen で作成した仮画面に
分割内容を描画した後、裏画面に描画する、という手順を踏めば Effekseer の描画もズレずに
画面分割表現をできるのではないかなと思いました
<準備編>
MakeScreen で分割画面の1つ分のサイズの仮画面を作成してグローバル変数に保存
<メインループ編>
1. 準備編で作成した仮画面にプレイヤー1の画面を描画
2. 1で描画した画面を裏画面の左側に描画
3. 準備編で作成した仮画面にプレイヤー2の画面を描画
4. 3で描画した画面を裏画面の右側に描画
5. ScreenFlip